Năm 1994, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh cho ra đời phòng khám đa khoa có giường lưu[2].

Năm 2000, Bệnh viện Đại học Y Dược được thành lập theo Quyết định số 3639/2000/QĐ-BYT ngày 18/10/2000, trên cơ sở sáp nhập 3 phòng khám Đa Khoa thuộc Khoa Y, Khoa Điều dưỡng-Kỹ thuật Y học và Khoa Y học Cổ truyền[1][2].

Năm 2006, khởi công xây dựng tòa nhà 15 tầng[2].

Năm 2011, ký kết thỏa thuận hợp tác với Tập đoàn Hoàng Anh Gia Lai thành lập Bệnh viện Đại học Y Dược - Hoàng Anh Gia Lai (tên tiếng Anh: Medical University – Hoang Anh Gia Lai Hospital) tại thành phố Pleiku, tỉnh Gia Lai[3][4]. Đây là bệnh viện liên kết đầu tiên của Bệnh viện Đại học Y Dược nói riêng, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh nói chung.

Năm 2013, tòa nhà mới chính thức đưa vào hoạt động[2]. Đến ngày 24/4, Bệnh viện Đại học Y Dược TPHCM được Bộ Y tế xếp hạng I[5].

Năm 2018, đưa vào hoạt động phòng khám đa khoa Bệnh viện Đại học Y Dược 1 (hợp tác công - tư)[6].